La historia del pueblo mapuche (mapu=tierra, che=gente), a partir del siglo XV, es una historia de lucha, esclavitud y huída por la supervivencia. 
Su origen se encuentra en los araucanos, indígenas establecidos en lo que fue posteriormente el lado chileno de la cordillera. Éstos dieron gran trabajo a Valdivia (s. XVI) en su intento por conquistar los territorios del sur. Es más, se cree que fueron el pueblo que más lucha dio y más difícil de derrotar de toda América. 

Los araucanos o mapuches, entonces, resistiendo la embestida de los conquistadores españoles, se ponen en contacto más fluido (debido a que ya lo tenían) con sus hermanos trasandinos, los pehuenches, para comerciar con los pampas o puelches (puel=este, che=gente), con quienes intercambian tejidos y trigo, por caballos (necesarios para enfrentar a su poderoso rival) y sal. Los pehuenches, a su vez, recorrían la cordillera del lado argentino, ayudando en la vigilancia, ya que se los hallaba en los pasos fronterizos.

Estos pueblos que en sus orígenes se diferenciaban en su lengua, rasgos, etc., a través de los años y el contacto e intercambio se homogenizan bajo la lengua mapuche (mapudungun), costumbres, etc., dándose un proceso (comenzado en el siglo XVI) de araucanización o mapuchización. 

En la Argentina el pueblo mapuche se encontraba establecido en varias provincias, siendo en total alrededor de 70 a 90 mil. Sin embargo la mayoría estaba en la provincia de Neuquén (junto con parte de Río Negro), donde había alrededor de 30 o 40 mil habitantes. 
Hoy quedan muy pocos mapuches en la región, ya que su pueblo fue diezmado, asesinado, esclavizado y asimilado a la cultura occidental.

A partir del año 1878, J. A. Roca comienza la llamada "Conquista del Desierto", que durará hasta los años 1883, cuando se logra la "pacificación" e incorporación de Neuquén al territorio nacional. Pero es en esta primera campaña que ocupa la zona del norte neuquino, consecuentemente algunas tribus se rinden y otras huyen a Chile. Este dato es de relevancia para la zona de Villa Pehuenia y alrededores, ya que los mapuches que habitan la región son los descendientes de aquellos que habían huido a Chile, que luego volvieron a su lugar de origen. 

 
Durante estos años se dan varias embestidas contra los mapuches, siendo asimismo los combates muy sangrientos. Dos combates importantes que se llevaron a cabo a pocos kilómetros de donde se encuentra la Villa hoy son los de: "Pulmary" y "Pino Hachado". El combate de Pena Haichol, fue la derrota del famoso cacique Purrón, que huye con los pocos sobrevivientes a través de un boquete oculto en una zona boscosa de grandes pehuenes, desconocido por los huincas (blancos). El nombre -"Pino Hachado"- se debe a que el Ejército en la persecución indígena derriba un pino como guía para su regreso. Curiosidad: el pino fue guardado por los pobladores durante años, quemándose en un incendio.

Por otro lado, la zona en que se ubica Villa Pehuenia actualmente, era el lugar histórico de veranada de las comunidades mapuches. Es recién a fines del siglo XIX que se instala definitivamente en el lugar la Comunidad Mapuche Puel, que se encuentra actualmente en la zona, en los  alrededores del volcán Batea Mahuida y en la angostura de los lagos Aluminé y Moquehue. Mientras la Comunidad Mapuche Placido Puel se ubica sobre la costa del lago Aluminé. Entre tanto la Comunidad Mapuche Catalán se ubica en las afueras de la Villa.